Venäjän 12. haplotyyppi - riski vai mahdollisuus?

[Uimonen]

Pahoittelen taas myöhäistä ajankohtaa kommentointiin, mutta leipäkin on ansaittava...

Koiramme -lehdessä joulukuu 2012 oli erittäin mielenkiintoinenn artikkeli kotimaisten rotujen monimuotoisuustutkimuksesta (Niskanen, Ritala, Aspi, Lohi). Luettuani sen useampaan kertaan olen jäänyt pohtimaan sen merkitystä Suomenpystykorvalle. Tilanne ei käsittääkseni tämän tutkitun toisen perinnölisyystekijän (DLA) osalta ole vielä mitenkään uhkaava, joskaan ei ole varaa jäädä syljekelemään kattoonkaan.

Itse jäin puntaroimaan esiin noussutta pystärin 12:sta haplotyyppiä, joka tuossa tutkimuksessa löydettiin vain Venäjän pystäripopulaatiosta, ja erityisesti sitä, miten tämä haplotyyppi voitaisiin saada hallitusti lisäämään Suomen pystykorvapopulaation monimuotoisuutta tältä osin. Toki ymmärrän, että moni muu aktiivinen ja minua paljon kokeneempi spj-ihminen on tätä ajattelua varmaan jo tehnyt, mutta en löytänyt tältä palstalta mitään aiheeseen sopivaa viestiketjua.

Leikitään hetki teorialla:
Tiedämme, että Venäjän pystärikantaa ei ole terveydellisesti kartoitettu läheskään sillä tarkkuudella ja takautuvalla aikajänteellä kuin Suomessa. Se aiheuttaa tuntemattoman tekijän eli terveydellisen riskin. Mitäpä jos SPJ haravoisi maltilla ja kaikessa rauhassa luotettavien venäläisten yhteistyökumppaneiden kanssa Venäjän populaatiosta muutamia koirayksilöitä, jotka olisivat varmasti tätä 12:sta haplotyyppiä, ja joiden kokonaisvaltaiset terveystiedot, kaikilta tunnetuilta osiltaan (hampaat, silmät, polvet, epi-historia) olisivat niin hyvät kuin mahdollista, ja muutenkin sekä toiminnallisuutensa että ulkomuotonsa puolesta olisivat "niitä potentiaalisia monimuotoisuuden laajentajia". Koirat voisi järjestö sijoittaa aktiivisille harrastajille, millä varmistettaisiin näiden koirayksilöiden mahdollisuus näyttää kykynsä metsässä, sekä esiintyä edustavasti näyttelyssä. Näitä koiria seurattaisiin SPJ:n toimesta terveydellisesä mielessä koko ajan (~PEVISA kerran vuodessa?), ja useita vuosia, jotta mahdolliset perinnölliset sairaudet pystyttäsiiin saamaan näkyville. Kun voisimme olla riittävän varmoja (täyttä varmuutta ei tässä tietenkään voi saavuttaa), että nämä arvokkaat 12:nnen haplotyypin edustajat ovat riittävän todennäköisesti terveitä, niin teetätään niillä taas jatkoyhdistelmät, jotka on yhtä huolella valittu. Sitten taas odotetaan, että nämä jälkelaiset näyttävät kokonaisvaltaisen elinvoimansa huolella valittujen omistajien huostassa. Näiden parin sukupolven jälkeen alkaisi olla näyttöä siitä onko tämä 12:sta haplotyyppi saatu hallitusti ja terveiden, ulkomuodollisesti laadukkaiden ja käytössä toimivien koirien myötä rikastuttamaan Suomessa elävää suomenpystykorvapopulaatiota.

Hidasta kuten genetiikka on (pl. banaanikärpäset), mutta mahdollisesti rodun jalostuksen kannalta hyvinkin palkitsevaa.

Mitäpä arvelette...?

[Uimonen]

Olen hieman yllättynyt ettei vastakommentteja tähän aiheeseen ole tullut. Odotin, että ainakin isänmaallisimmat pystykorvaveteraanit tyrmäävät ajatuksen täydellisesti pelkästään tuon Venäjän mainitsemisella....

Jalostuspäivillä tämän aiheen luento, jonka Kirsi Sainio oivallisen selkeästi ja yksinkertaistaen meille perusgenetiikasta ja ko. tutkimuksesta piti, ei sinällään tuonut Koiramme -lehden artikkeliin verrattuna tieteellisesti mitään uutta, mutta avasi luennon lopuksi keskustelun, joka lopputulemansa osalta lämmitti vanhan tiedustelu- ja analyysimiehen sisintä. Näin siksi, että tämä monimuotoisuustutkimus toi tietoomme uusia faktoja, joista tehtiin kattava analyysi, ja loppukeskustelun perusteella tuloksia tullaan myös hyödyntämään ja jatkojalostamaan SPJ:n seuraavassa perimänkartoitushankkeessa, kuten SPJ:n sihteeri meille tuoreeltaan julkilausui.

Ja samalla tuon alkuperäisen viestini loppukysymys sai sihteerin ilmoituksen myötä myös vastauksen, sillä ainakin keskustelun myötä minulle jäi kuva, että perimänkartoitukseen valitaan edustajat myös tuosta Venäjän pystäripopulaatiosta, mikä nopeuttaa selvästi tuon 12:nnen haplotyypin mahdollisesti sisältämän terveydellisen riskin selvittämistä, sekä myös sen mahdollisuuksia toimia Suomen pystäripopulaation geneettisen monimuotoisuuden rikastuttajana. Kartoituksessa ei saa kiirehtiä, mutta tämä kortti on hyvä, ja syytäkin katsoa.

Venäjä sinällään herättää kiivaita ja ehdottomia tunteita (minussakin), mutta meidän kaikkien kannattaa muistaa, että nyt puhutaan koirista, jotka monimuotoisuuskartoitus osoitti olevan geneettisesti täysin samaa rotua suomalaisen pystäripopulaation kanssa. Tämä on mahdollisuus. Ruotsin populaation osalta samanperintäisyys DLA:n osalta oli niin huolestuttavan korkea, että olisi syytä saada Ruotsin pystäripopulaatiosta paljon laajempi otanta kuin tuo yhdeksän koirayksilöä. Siinäpä SPJ:n johdolle haastetta houkutella jollain porkkanalla ruottalaiset näin myös tekemään.

Nyt sitten odotellaan kaikessa rauhassa mitä perimäkartoitushankkeessa selviää, ja sitten ollan taas hitusen viisaampia tässä Suomenpystykorvalle ja meille kovinkovin tärkeässä asiassa.

Hieno koira, hieno harrastus!

[Timo Kettunen]

Pitäisiköhän ottaa sellainenkin mahdollisuus huomioon, että haplotyypin nro 29 selittävänä tekijänä ja taustalla toisena osapuolena on Keskiaasiankoira? Onko Venäjällä tehty/tapahtunut roturisteytys?

[Kytösavu]

Tuskin. Pitäisikö samalla olla sitten huolissaan esim. karjalankarhukoirasta, jolla harvinaisempi hablotyyppi 32 löytyy vain norjanharmaalta ja brasilialaiselta sekarotuiselta. Ei tarvitse.
Koiramme lehti joulukuu 2012 sivut 92-93 taulukosta on ilmeisesti kyse. Tässä tutkimuksessa löydettiin 40 erilaista hablotyyppiä(perimää). Suomenpystykorvalta 11 erilaista, mikä on tutkimuksen mukaan kohtuullista keskitasoa. 40 erilaisesta hablotyypistä 18 on yhteisiä yhden tai useamman rodun kanssa, 22 täysin uniikkeja tässä tutkimuksessa jollekin rodulle, (sivu 91). Suomenpystykorvalle tässä tutkimuksessa omia haglotyyppejä oli kolme, numerot 26,27 ja 28.
Pelkästään jo habloptyyppi 2 on yhteinen suomenpystykorvan kanssa mm. lapinporokoiran, lapinkoiran, norjanharmaahirvikoiran, karjalankarhukoiran, suomenajokoiran, dobermannin, newfoundlanninkoiran ja 29 muun rodun kanssa.
Aikojen alusta sudesta kotisudeksi ja siitä koiraksi muuntuessa rakennuspalikoita ei ole silloinkaan ollut rajattomasti. Ihmisten vaellukset, asuma-alueiden eriytyminen ja jalostus, jolla pyrittiin saamaan haluttuja ominaisuuksia, ovat vaikuttanneet niiden muodostumiseen, eriytymiseen ja katoamiseenkiin. Näin ovat koirarodut syntyneet, meillä mm. ylpeytemme suomenpystykorva meidän kansamme vaellusten ja jalostusvalintojen myötä omaksi "paketikseen" perimää.Tämän Kirsi Sainio suomenpystykorvajaoston luennolla toi varsin selkeästi ja ymmärrettävästi esille.
Venäjän tutkitut 64 suomenpystykorva näytettä siunasi Mikkelin pamauksessa(vuosikokous) käydyn taistelun, koska tämän tutkimuksen mukaan Venäjän ja meidän koirakantamme on nyt geenitutkimuksen perusteella todettu samaksi alkuperältään.

Mutta otsikon kysymykseen riski vai mahdollisuus, niin varmasti mahdollisuus, mutta vain yhteistyössä tutkimuksen ja asiaa tuntevien kautta. Mahdollisesti myös riski omin päin puuhastellessa ja asioita pohjimmiltaan ymmärtämättä. Verkkoja naapuriin kannattaa varmasti rakentaa rotujärjestön kautta.

[heidi]

Pekka ennättikin ensin luettelemaan ne kaikki rodut, joilta löytyy yhteisiä haplotyyppejä suomalaisten suomenpystykorvien ja karjalankarhukoirien kanssa - minun ei enää tarvitse. Olisin sen muuten tehnyt ihan henkilökohtaisista syistä, sillä oman koirani udmurtialainen emä ja täti kantavat näköjään juuri tätä haploa nro 29 Ja kyllä ne, niin kuin omanikin ihan aidoilta suomenpystykorvilta näyttävät

Messarissa joulukuussa Genoscoper lanseerasi koko koiran perimän ja tunnetut tautigeenit kartoittavan MyDogDNA-pilottikartoituksen. Asiaa emme saaneet valitettavasti julki joulukuun Pystykorvaan, mutta tuolta Genoscoperin sivuilta http://genoscoper.com/fi/testit-koira/ jokainen voi käydä asiaan tutustumassa. 15.2. asti on voimassa tarjous, jolla koiransa geenikartan ja tunnetut tautigeenit saa kartoitettua 130 euron hintaan. Listahinta taitaa olla parin sadan paikkeilla. Tutkimus tehdään poskisolu- tai verinäytteestä. Jos verinäytteen on jo antanut Hannes Lohen ryhmälle niin uutta näytettä ei tarvita.

[Kytösavu]

http://www.spj.fi/sitenews/view/-/nid/77/ngid/1

[Uimonen]

Ja samalla tuon alkuperäisen viestini loppukysymys sai sihteerin ilmoituksen myötä myös vastauksen, sillä ainakin keskustelun myötä minulle jäi kuva, että perimänkartoitukseen valitaan edustajat myös tuosta Venäjän pystäripopulaatiosta, mikä nopeuttaa selvästi tuon 12:nnen haplotyypin mahdollisesti sisältämän terveydellisen riskin selvittämistä, sekä myös sen mahdollisuuksia toimia Suomen pystäripopulaation geneettisen monimuotoisuuden rikastuttajana. Kartoituksessa ei saa kiirehtiä, mutta tämä kortti on hyvä, ja syytäkin katsoa.

Lainaan tuossa alussa itseäni.

Tähän Kytösavun viittaamaan tutkimukseen toivon minäkin Suomenpystykorvaihmisten vankoin joukoin osallistuvan. Valitettavasti meidän osallistumisemme täällä Suomessa, tai pelkän Suomen populaation tutkiminen ei silti anna vastausta tuohon Venäjän pystäripopulaatiossa havaitun suomenpystykorvan 12:nnen haplotyypin (29ht) perimän sisältöön, vaan näytteet tarvitaan nimenomaan myös kattavasti siellä elävästä kannasta.

Oletan (ja toivon suuresti) edelleen, että SPJ:n omassa alkavassa perimäkartoitushankkeessa valitaan osa tutkimuskohteista nimenomaan myös tuosta venäläisestä populaatiosta, jotta nähdään syvemmin onko se populaatio todellakin enemmän mahdollisuus vai riski, ja sen jälkeen voidaan harkita siirtymistä tuon alkuperäisen viestini kuvaamaan Suomen populaation geneettisen monimuotoisuuden hallittuun ja harkittuun lisäämiseen tuottamalla huolellisesti valikoituja koiria sieltä tänne (kuvaus menettelytavasta tuolla 1. viestissä).

Se, että tuon SPJ:n perimäkartoitushankkeen lisäksi me yksityiset koiranomistajat otamme myös osaa tuohon tutkimuksen, on tietysti aivan erinomainen asia! Itse odotan vain sitä tietoa, että valikoituuko oma koirani tuohon SPJ:n hankkeseen vai ei, minkä jälkeen tilaan omat poskisoluharjat (turha tutkia samaa koiraa kahdesti).

Hieno Koira, hieno harrastus!

[enp]

Pitäisiköhän ottaa sellainenkin mahdollisuus huomioon, että haplotyypin nro 29 selittävänä tekijänä ja taustalla toisena osapuolena on Keskiaasiankoira? Onko Venäjällä tehty/tapahtunut roturisteytys?

Ei mielestäni niin mahdoton ajatus kun katsoo FCA-analyysin tulosta suomalaisten koirarotujen ja venäläiseurooppalaisen laikan perinnöllisistä etäisyyksistä. Kyllä siellä selvästi on yksi suomenpystykorvan näyte aivan muusta rodusta.(Koiramme lehti §2/12 sivu 97 kuva10.)

Oletan (ja toivon suuresti) edelleen, että SPJ:n omassa alkavassa perimäkartoitushankkeessa valitaan osa tutkimuskohteista nimenomaan myös tuosta venäläisestä populaatiosta, jotta nähdään syvemmin onko se populaatio todellakin enemmän mahdollisuus vai riski, ja sen jälkeen voidaan harkita siirtymistä tuon alkuperäisen viestini kuvaamaan Suomen populaation geneettisen monimuotoisuuden hallittuun ja harkittuun lisäämiseen tuottamalla huolellisesti valikoituja koiria sieltä tänne.

Nyt on syytä painaa jarrua, ettei mopo ala pahasti keulimaan. Rotujärjestö valitsee 50 kotimaista suomenpystykorvaa jatkoselvittelyyn. Näiden koirien omistajilla on mahdollisuus lunastaa geenikartoituksen tulokset 70€ hinnalla itselleen. Genoscoper tarjous on voimassa 15.2. asti ja se on 130€. Tämän jälkeen geenikartoituksen tekeminen maksaa 199€.


Oheisessa kuvassa on suomenpystykorvien DLA-haplotyyppien eri variaatiot ja niiden prosentuaalinen vaihtelu tutkituissa koirissa. Venäjän 29 haplotyyppi ei näyttäisi olevan se harvinaisin niiden joukossa. Vaikka Venäjä voi oikein toimittaessa olla mahdollisuus hyvienkin koirien löytymiseen tuntuu se edelleen aika riski ratkaisulta. Käyttöominaisuuksen ja ulkomuodon osalta sieltä ei löydy haastajia. Terveyden tavoittelu koirakannasta, josta ei ole dokumentoituna juuri mitään luotettavaa terveystietoa on tällä hetkellä kuvittelua. Mitään järkeviä perusteita sille, että maksaisimme sieltä tuotujen koirien testit ei näin ole olemassa.

[AM]

Eipä auennut tuo ENP:n taulukko noin ensikatsomalta. Mitä ovat mm. nuo GM 1 ja 2 ?
Voisiko noihin haplotyyppeihin laittaa perään koirien rekisterinumerot /nimet niin olisi paljon helpompi arvioida missä on harvinaisempia sukuja yms. mielenkiintoista tietoa. Ymmärtääkseni tääsä avoimuuden aikakaudessa ei noista tiedoista olisi kenellekään mitään haittaa, vaan se antaisi meille maallikoillekin mahdollisuuksia oman tietoisuuden lisäämiseen ja sitä kautta ehkä tulisi uusia ideoita kehiin.

Nimimerkki
On minunkin koiralta verinäyte otettu

[enp]

Koirakohtaiset tulokset löytyvät, kuten Kuopiossa luvattiin, rotujärjestön nettisivulta.

[AM]

Kysymyksiä tuosta SPJ:sivulla olevasta taulukosta:
1. Tarkoittaako tuo haplotyyppiyhdistelmä esim. Emmin kohdalla (ens. koira listalla), että siinä on toisesta vanhemmasta tullut 2 haplo- ja toisesta 12 haplotyyppi ?

2. Onko nuo punaisella merkityt "ei sallittu" -koirat epileptikoita tai muutoin sairaita ja jos näin, niin miksi niiden nimiä ei ole laitettu taulukkoon ?

Olisi mukava jos joku osaisi hiukan avata kuinka tuota, erittäin mielenkiintoista, listaa tulkitaan

[Artsi]

Kysymyksiä tuosta SPJ:sivulla olevasta taulukosta:
1. Tarkoittaako tuo haplotyyppiyhdistelmä esim. Emmin kohdalla (ens. koira listalla), että siinä on toisesta vanhemmasta tullut 2 haplo- ja toisesta 12 haplotyyppi ?

2. Onko nuo punaisella merkityt "ei sallittu" -koirat epileptikoita tai muutoin sairaita ja jos näin, niin miksi niiden nimiä ei ole laitettu taulukkoon ?

Olisi mukava jos joku osaisi hiukan avata kuinka tuota, erittäin mielenkiintoista, listaa tulkitaan

Yritän vähän avata taulukkoa, pääasiassa lainaan Koiramme-lehden jutun tekstejä ja mitä muistan Sainion luennolta Kuopiosta, toivottavasti ei mene hirveästi metsään....
MHC-alueen (major histocompatibility complex, suuri kudosten yhteensopivuuskompleksi) geenit voidaan jakaa kolmeen luokkaan niiden tuottamien proteiinien toiminnan perusteella. Koiran MHC-geenejä kutsutaan
nimellä DLA, joka tulee sanoista ”dog leucocyte antigen”, suomeksi ”koiran valkosoluantigeeni”. Suomalaisilta koiraroduilta tutkittiin luokkaan II kuuluvia geenejä DLA-DRB1, DLA-DQA1 ja DLA-DQB1

Eli taulukossa DRB1, DQA1 ja DQB1. Haplotyyppinumerointi on juokseva, sama numero tulee aina samanlaiselle DRB, DQA ja DQB -yhdistelmälle. DRB1, DQA1 ja DQB1 tulevat emältä ja DRB2, DQA2 ja DQB2 isältä. Silloin kun nuo haplotyypit ovat samanlaiset , on kyseessä samaperintäinen ja kun erilaiset niin eriperintäinen. Taustavärit auttavat näkemään visuaalisesti mitkä ovat yleisiä ja mitkä harvinaisempia haploja.

Kennelliitto tutkitutti kaikki Lohen tutkimusryhmällä käytettävissä olevat verinäytteet. Siellähän on näytteitä koirista joiden omistajat ovat kieltäneet tulosten julkaisemisen, luulisin että siitä syystä tutkimusryhmä ei ole laittanut niiden nimiä tuohon listalle vaikka itse näytteet ovat osa tutkimusta. Käsittääkseni taulukko on tullut juuri tuollaisenaan tutkimusryhmältä SPJ:lle.

[AM]

Kiitokset Artsille selventävästä vastauksesta, hyvin olet kuunnellut Sainion luennon. Mitä raati on mieltä siitä, että onko jatkossa toivottavaa pyrkiä astutuksiin, joissa tosella osapuolella on eri haplotyyppi kuin omalla koiralla.
Kumpi parempi; suurempi SSA (esim. 4-8 %) ja eri haplo vai pieni SSA (alle 3 %) ja sama haplo ?
Kaventaako saman haplon omaavien koirien astuttaminen koko kannan perimää liikaa ? Tuleeko uusia haploja vain mutaation kautta, (esimerkkinä vaikka Suomeen tuotu valkohäntäpeura - onkohan kukaan tutkinut tämän kannan haplotyyppejä). Nyt kannattaisi jalostusryhmän miettiä vosiko joillain käytännön toimenpiteillä turvata vielä olemassaolevien uhanalaisten haplojen säilyminen.
Nythän meillä on käytetty SSA:ta lähes tärkeimpänä työkaluna jalostuksessa mutta nämä uudet tutkimustulokset avaavat aivan uusia näkökulmia jalostukseen.
Vielä yksi kysymys;voiko päästä "ulkojäsenenä" mukaan tuohon rotujärjestön valitsemaan 50 koiran tutkimukseen ja mitä se maksaisi ?

[Artsi]

Vielä yksi kysymys;voiko päästä "ulkojäsenenä" mukaan tuohon rotujärjestön valitsemaan 50 koiran tutkimukseen ja mitä se maksaisi ?

Juu, juuri tuo Kuopiossakin mainittu MyDogDNA , siitä lisää http://www.spj.fi/sitenews/view/-/nid/77/ngid/1 ja testin tilaaminen http://www.genoscoper.com/fi/testit-koira/
Hinta 130 € 15.2 saakka

[AM]

Voisiko jalostusryhmä julkaista pikaisesti ne koirat, jotka on valittu järjestön toimesta tehtäviin testeihin niin jokainen voi sen jälkeen arvioida onko omista koirista tarvetta tehdä ko. geenikartoitus.